・モンスター
・操作性
・クエスト
・ボウガンのリミッター解除
・チャチャとカヤンバ
・新スキル
・今作のメインモンスターとして砕竜(さいりゅう)ブラキディオスが登場。
・いままでは陸上に引きずり出してからの戦闘となっていたガノトトスと水中戦で戦える。
・イビルジョーが怒り喰らうイビルジョーとなって登場。
▼新しい亜種モンスター
・白海竜ラギアクルス亜種
・尾斧竜ドボルベルク亜種
・霊山龍ジエン・モーラン亜種
・獄狼竜ジンオウガ亜種
▼タッチスクリーン
・3DS特有の2画面によるタッチスクリーンを含む操作が可能。
・タッチスクリーンは好きな機能を配置することができ、自由にカスタマイズできる。
・タッチスクリーンに十字キーを表示することによって右手でもカメラ操作が可能になる。
・十字ボタンの位置大きさが変更できる。縦長、横長の十字キーにすることもできる。
・タッチスクリーンでアイテム使用が可能になり、アイテム選択が楽にできる。調合もできる。
・弾の切り替え、調合ができるためガンナーの弾関連の操作が簡略化できる。
▼ターゲットカメラ
・ターゲットカメラONの状態でLボタンを押すとモンスターにカメラが向く。
・上下の軸があり複雑な視点操作を要求される水中戦で使いやすい。
・2頭クエストの場合はアイコンでターゲットするモンスターを切り替えることで補足できるモンスターを選べる。
▼拡張スライドパッドについて
・スライドパッドはカメラ操作に使える。R2とL2ボタンが追加される。
・下のタッチパネルでも右手でのカメラ操作はできるが、拡張スライドパッドにカメラ操作を割り当てられる分、下のパネルの空き分を他の用途にカスタマイズして割り当てることができるため操作性が向上する。
・MH3ベースとしてモガの村とタンジアの港でストーリーとクエストは進行する。タンジアの港ではG級クエストが行える。
・MH3ではパーツの組み合わせ方式のボウガンだったが、その方式は廃止。
・G級のボウガンだとリミッター解除が使える。
・ライトボウガンではリミッター解除によって全ての弾を一度でリロードできるフルリロードが使える。弾切り替えをしてもリロードされたままになる。代わりに連射ができなくなる。
・ヘビィボウガンはリミッター解除によって攻撃力がアップして、竜撃弾が使えるようになる。代わりにしゃがみ撃ちができなくなる。
・ライト、ヘビィどちらともリミッター解除によって装填数が一部増加する。
・1人プレイ、2人プレイではチャチャ、カヤンバを連れて行くことができて、クエストでプレイヤーに協力してくれる。
・お面を付け替えることで肉焼き、モンスターの位置表示など役立つ機能が変わる。
▼お肉大好き
・生肉を食べられる。生焼け、こんがり肉を食べると強走効果を発揮。
▼ハニーハンター
・ハチミツ、ロイヤルハニーを1回で2個採取できる。
▼飛距離強化
・モンスターに背を向けて走りながらできるジャンプ回避がモンスターに向かいながらできるようになる。